Systematische Naamgeving  


Voor dezelfde stof bestaan verschillende namen. Voor ethanol kennen we bijvoorbeeld de oude naam ‘wijngeest’. En de alledaagse: ‘alcohol’ of ‘ethylalcohol’. Een naam kan traditioneel zijn of verbonden aan een beroepsgroep. Zo spreken biochemici over ‘lactaat’ als zij ‘melkzuur’ bedoelen (of eigenlijk: ‘2-hydroxypropaanzuur’).
De ‘International Union of Pure and Applied Chemistry’ (IUPAC) probeert hierin orde te scheppen. De IUPAC maakt onderscheid tussen:


-triviale naam, veel gebruikte vaak traditionele naam,
-semi-systematische naam, dan zit er enige logica in de naam, bijvoorbeeld: ethylalcohol,
-systematische naam, deze is afgeleid van de  structuurformule.

De systematische naam beschrijft de molecuulstructuur.

In het boek Organische chemie voor het beroepsonderwijs bespreken we bij iedere homologe reeks de gangbare triviale namen. Bovendien de de belangrijkste richtlijnenen voor de systematische naam. Een heel algemene richtlijn volgt hieronder.

 

Globale regels voor de systematische naam.


De hoofdnaam wordt bepaald door de langste niet-vertakte keten waarin de functionele groep zit. Is er geen functionele groep dan wordt de naam van de langste keten de alkaannaam. Het eerste deel (blauw) is de ‘stam’:    

    CH4      methaan
    C2H    ethaan
    C3H8     propaan
    C4H10    butaan
    C5H12    pentaan
    C6H14    hexaan
    C7H16    heptaan
    C8H18    octaan
    C9H20    nonaan
    C10H22  decaan

  • Met 1 dubbele binding wordt de naam: stam+een, dus etheen, propeen enz.
  • Met 2 dubbele bindingen: stam+adieen, dus butadieen, pentadieen enz.
  • Met 1 drievoudige binding wordt de naam: stam+yn, dus ethyn, propyn enz.
  • Met 2 drievoudige  bindingen: stam+adiyn, dus butadiyn, pentadiyn enz.
  • Komen drievoudige en dubbele binding samen voor dan is de nummering zo laag mogelijk, met voorkeur voor het laagste nummer voor –een.voorbeeld:

 

  • Een cyclische verbinding krijgt ‘cyclo-‘ als voorvoegsel: cyclo-hexaan, cyclo-hexeen enz.
  • De stamnaam bij aromaten en polycyclische verbindingen  is afgeleid van de ringstructuur. Deze heeft dan een eigen stamnaam. Bijvoorbeeld:  benzeen, naftaleen, anthraceen, enz. Vertakkingen van de koolstofketen worden als substituent voor de hoofdnaam vermeld met de uitgang  -yl:


    CH4      methaan     -CH3     methyl
    C2H6    ethaan        -C2H   ethyl
    C3H8    propaan      -C3H7    propyl
    C2H4    etheen        -C2H3    ethenyl
    C3H6    propeen      -C3H5    propenyl

  • Zit er een functionele groep in de keten dan krijgt de langste keten met functionele groep een afgeleide naam. De functionele groep die aan het eind van de hoofdnaam wordt geplaatst is de hoofdgroep.
  • De plaats van een functionele groep wordt met een nummer aangegeven. Dit plaats-nummer wordt vlak voor de uitgang gezet:



  • Zijn er meer functionele groepen dan krijgen deze ook plaats-nummers.  Dan worden nummer en naam vóór de hoofdnaam geplaatst.

Voorbeeld:

  • In onderstaande tabel staat een aantal veel voorkomende groepen van boven naar beneden gerangschikt naar hoofdgroep-voorkeur.
  • Dus bijvoorbeeld: de uitgang –zuur heeft voorrang boven de uitgang –al voor de hoofdnaam (als gekozen moet worden).
  • Als het plaatsnummer overbodig is dan laten we het weg:niet: 4-broom-2-oxo-pentaan-1-zuur    maar: 4-broom-2-oxo-pentaanzuur

niet: propaan-2-on      maar: propanon
niet: hexaan-1-al        maar: hexanal

 

Voorkeur van boven naar beneden voor de bepaling van de hoofdnaam-uitgang.

 

 

  • Sommige groepen worden alleen als voorvoegsel genoemd, bijvoorbeeld de nitro-groep en de halogenen.
  • Het aantal van dezelfde groep geven we aan met voorvoegsels: mono, di, tri, tetra enz.
  • Bij meer dan één functionele groep wordt de nummering zó gekozen dat de nummers zo laag mogelijk zijn. Bij vergelijking van twee mogelijkheden van nummering worden de plaatsnummers van beide nummeringen oplopend op een rij gezet. Vervolgens is die nummering het laagst, waarbij bij het eerst optredende verschil, het kleinste getal staat.

Vergelijk    A    2,3,6,7  met    B    3,4,6,7
 A is het laagst want bij het eerste verschil is 2 het kleinst.

Vergelijk    C    2,3,6,8    met     D    2,4,5,7    
C het laagst want bij het eerste verschil is 3 het kleinst.

Je krijgt de volledige naam als je alle functionele groepen en hun plaatsnummers in volgorde zet:


zijketens, functionele groepen -- stamnaam -- dubbele, driev. binding -- uitgang hoofdgroep

Hierbij:

  • nummers scheiden met komma’s:   2,3,4-
  • voorvoegsels als: cyclo, di, tri, cis, trans enz scheiden met liggend streepje:  tri-methylamine
  • namen van groepen aan de naam schrijven: 2-methylpentaan,  2-aminobutaan-1-ol

 

Werkwijze bij de bepaling van een systematische naam

  1. Bepaal de stam, dus: langste keten met meeste functionele groepen en dubbele / drievoudige bindingen.
  2. Bepaal welke functionele groepen benoemd moeten worden met: tussenvoegel, voorvoegsel en of  uitgang.
  3. Geef de functionele groepen ieder een plaatsnummer.


Voorbeeld


    

Stam:  pent
Hoofdgroep: -OH                   uitgang: -ol       plaats: 2
Subgroep:  dubbele binding    uitgang: -een    plaats: 4

Naam:    pent-4-een-2-ol

 

Voorbeeld
   


Stam:  hept
Hoofdgroep:     =O               uitgang: -al                       plaats: 1
Subgroepen:    -OH        voorvoegsel:         hydroxy       plaats: 6
-C2H5      voorvoegsel:        ethyl            plaats: 3

                      -C6H11     voorvoegsel:        cyclohexyl    plaats: 5 
dubbele binding:                 uitgang:   -een                    plaats: 2


Naam:    3-ethyl-5-cyclohexyl-6-hydroxyhept-2-een-1-al

Het plaatsnummer 1 voor de uitgang -al laten we weg, want dit is overbodig:


             3-ethyl-5-cyclohexyl-6-hydroxyhept-2-enal

 

Systematische namen zijn vaak ongemakkelijk. Niemand  zegt “diwaterstofmonooxide” als hij water bedoelt. Of wat dacht je van de systematische naam van cholesterol (tabel)?
In principe is de systematische naam meteen de IUPAC voorkeursnaam: Preferred IUPAC Name. Afkorting: PIN. Maar soms is de triviale naam zo ingeburgerd dat deze de voorkeur krijgt. Zie onderstaande tabel.

Een aantal  niet-systematische voorkeursnamen:

PIN* systematisch
acetyleen ethyn
aniline fenylamine
azijnzuur ethaanzuur
benzoëzuur benzeencarbonzuur
cholesterol

10,13-dimethyl-17-(6-methylheptan-2-yl)-

2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-

1H-cyclopentafenantren-3-ol

fenol hydroxybenzeen
formaldehyde methanal
mierenzuur  
methaanzuur
oxaalzuur
ethaandizuur
styreen ethenylbenzeen
tolueen
methylbenzeen
ureum diaminomethanal


      
*Voorkeursnamen ontleend aan Gids voor de IUPAC-nomenclatuur van organische verbindingen 2010 KNCV.

Structuurformules met ChemSketch

Stel je wilt een nette structuurformule voor in een Word-document of voor in een verslag of voor in een presentatie. Dan kun je die structuurformule met de hand tekenen. Als je netjes tekent is dat een prima optie. Maar veel chemici werken met computerprogramma's waarmee je vlot de moeilijkste structuren maakt. Een belangrijk voordeel is ook dat veel structuren al voor je klaar staan in het programma. Sommige van die programma's zijn ook voor scholieren en studenten beschikbaar. Gratis. Het zijn dan uitgeklede versies maar je kunt er toch veel mee.

Er zijn verschillende tekenprogramma's op het web te vinden: ChemDraw (betaald), ChemTube3D, AccelrysDraw, ChemSketch, MolView en meer. MolView is relatief eenvoudig (en dus beperkt) maar je  kan er ook mee werken op telefoon of tablet.

ChemSketch is uitgebreider. Je kan er dus meer mee. Hieronder enige hulp.  

 

 

 

 

Plastics, kunststoffen of polymeren ... 
We bedoelen steeds hetzelfde: macromoleculaire stoffen die zijn gemaakt uit monomeren. Monomeren zijn kleine moleculen. Deze monomeren zijn dan moleculen die zich kunnen verenigen tot grote moleculen. Door het aaneenrijgen van monomeren ontstaat een polymeer.

Zou je in een kunststoffenlaboratorium komen te werken, dan moet je niet gek opkijken als je werkzaamheden heel anders zijn dan tijdens de opleiding. Voor de kwaliteitscontrole van kunststoffen worden vooral veel fysische eigenschappen gemeten.
Je moet dan denken aan:

  • warmtegeleiding
  • slagvastheid
  • brandbaarheid
  • scheursterkte
  • treksterkte
  • krasvastheid
  • uv-bestendigheid

Veel (chemische polymeren) worden gemaakt door in hoofdzaak twee bereidingswijzen: radicaalpolymerisatie en condensatiepolymerisatie.

 

Radicaalpolymerisatie

 

Condensatiepolymerisatie

 
Duurzaamheid

Kunststoffen hebben niet zo een goede naam als het gaat om de aanwezigheid in het milieu.
Het duurt erg lang voordat plastic is afgebroken. Hoewel: echt duurzaam zijn de meeste plastics ook niet. Zie het schakeldoosje in de afbeelding. Het is vooral de invloed van UV-straling in zonlicht die het materiaal aantast.
Maar het duurt wel erg lang voordat plastic op deze wijze is afgebroken. En ... er wordt enorm veel plastic gebruikt. De oplossing is recycling. Vooral van kunststoffen die goed gescheiden opgehaald kunnen worden. Veel PET-flessen krijgen zo een tweede of derde leven. Zie Canadees filmpje.

Een andere oplossing, die bijvoorbeeld voor weggooi-bestek wordt gebruikt, is biologisch afbreekbaar plastic. Dit wordt gemaakt uit zetmeel en is in principe een polyester van melkzuur:

Het weggooi-bestek bestaat uit polymelkzuur. PLA: polyacticacid. (CPLA ).

Interessant is ook de toepassing van polymelkzuur bij chirurgische operaties. Het polymelkzuur wordt langzaam door het lichaam opgenomen. Hechtdraad, maar ook pinnen en bouten hoeven niet meer door de chirurg verwijderd te worden.

 


Test hoofdstuk 15

Kruiswoord h15

Antwoorden opg h15

 

 

 

 

Aminozuren

Eiwitten zijn gemaakt van aminozuren. En wel L-α-aminozuren. Dat wil zeggen: als je het aminozuur volgens de Fischerprojectie tekent dan zit de aminogroep links. Dus: L. De α wil zeggen dat de aminogroep zit op het 1e koolstofatoom dat volgt op de C van de carbonzuurgroep. Van zulke aminozuren zijn er 20 die door de natuur worden gebruikt voor het maken van eiwitten.
Deze 20 aminozuren verschillen onderling in hun zijgroepen. Hieronder zijn de 20 aminozuren van de eiwitsynthese nog eens weergegeven.

De verschillende zijgroepen rood:

Eiwit

Een eiwit ontstaat dus door koppeling van aminozuren door middel van de amidebinding. De volgorde van de aminozuren geeft de 'primaire structuur'. Als voorbeeld, in de onderstaande afbeelding een 'heptapeptide'.

Eiwitten rollen in schroefvorm (helix) op of liggen in laagjes op elkaar (vouwblad). Ook kunnen verschillende eiwitten in collageen-structuur rond elkaar gedraaid zijn. Spierweefsel, huid en haar. We spreken dan over de secundaire structuur.
Dat er zoveel aandacht voor het structuurniveau is komt doordat we het hier hebben over biologische moleculen. De ruimtelijke structuur is dan heel belangrijk. Een eiwit kan zijn biochemische functie alleen vervullen dankzij zijn vorm.

De structuurniveaus nog eens uitgelegd via een linkje naar Al je vragen

Als de structuur zo belangrijk is, dan zullen veranderingen in de structuur dat ook wel zijn. Een eiwit kun je "denatureren". Dit betekent: van ruimtelijke structuur doen veranderen. Hierbij verliest het eiwit zijn oorspronkelijke functie. Oplosbare eiwitten worden onoplosbaar.
Een voorbeeld van denatureren is het koken van een ei. Maar in plaats van temperatuur verhogen kun je ei-eiwit ook denatureren door toevoeging van bijvoorbeeld zuur. Dit wordt gedemonstreerd in deze video.

Bij het denatureren komen apolaire zijgroepen die naar de binnenkant van het eiwit geplaatst waren, naar buiten. Het eiwit wordt daardoor in water minder oplosbaar.

Genetische code

De aanmaak van eiwit in levende cellen gebeurt met de chemische code in DNA als recept. Het DNA bevat de basen Thymine, Adenine, Cytosine en Guanine. Drie van deze basen op een rij vormen een codon. Het codon is de codering voor een aminozuur. De basen koppelen in DNA zoals in de afbeelding:

Via overschrijven (transcriptie) op mRNA en vertaling (translatie) naar tRNA wordt de code omgezet in een reeks aminozuren die bij de synthese worden gekoppeld. Dit is wel erg beknopt opgeschreven, maar het staat uitgebreid in het boek. Als je het lastig vindt zou je ook de uitleg onder onderstaande linkjes eens kunnen bekijken. Niet omdat deze eenvoudiger zijn (misschien wel moeilijker dan het boek), maar leren is ook een kwestie van wennen en dan is het goed om het van verschillende bronnen te lezen of te horen.
 

Alle eiwitten van een organisme staan geprogrammeerd in het DNA van dat organisme. Zo ook van de mens. Het DNA-profiel wordt gebruikt om verwantschap vast te stellen.

 


Test hoofdstuk 14

Kruiswoord h14

Antwoorden opg h14